Le 18 mars, l'Odéon est la proie des flammes : "Le feu s'est manifesté ce matin, à sept heures, au théâtre de l'Odéon; il est consumé en grande partie. Deux pompiers y ont péri. On ne sait pas encore la cause de cet incendie...", le désastre restera confusément attribué à la malveillance des anciens concessionnaires Sageret et surtout Le Page. Les Comédiens Français rejoignent la salle Richelieu, à présent dévolue à la Comédie-Française. La troupe de l'Odéon, en partie issue de la troupe Montansier, conservera son homogènéité grâce à l'énergie de son infatigable directeur Louis-Benoît Picard , auteur et acteur qui sera nommé à la direction de l'Opéra en 1807.
L'Odéon restauré par Chalgrin rouvre ses portes en juin 1808 sous le nom de "Théâtre de Sa Majesté l'Impératrice et Reine". Napoléon avait habilement imposé les frais de rénovation au Sénat en lui cédant le théâtre en toute propriété. la Chambre des Pairs n'aura de cesse de réclamer le détachement de cette "annexe inutile, et peu en harmonie avec la dignité de la Chambre". La concession est accordée pour neuf années à Alexandre Duval, "les concessionnaires ne pourront employer la dite Salle de Comédie que pour le spectacle de l'Impératrice qui se compose de la Comédie-Française et l'Opéra Bouffe." L'Odéon se balance au gré des alternances politiques.